Растущая из-за постоянно враждующих мелких государств внутренняя слабость империи требовала её реорганизации. Закрепившаяся на троне Габсбургская династия стремилась слить империю с Австрийской монархией и начала реформы. Согласно Постановлению Нюрнбергского рейхстага 1489 года учреждались три коллегии: курфюрстов, духовных и светских имперских князей, имперских вольных городов. Обсуждение ставившихся императором на открытии рейхстага вопросов теперь производилось отдельно по коллегиям, а решение принималось на общем собрании коллегий тайным голосованием, причем коллегия курфюрстов и коллегия князей обладали решающим голосом. В случае одобрении императором решений рейхстага они принимали силу имперского закона. Для принятия постановления требовалось единогласие всех трех коллегий и императора. Рейхстаг обладал широкими политическими и законодательными компетенциями: рассматривал вопросы войны и мира, заключение договоров, являлся высшей судебной инстанцией империи. Его постановления охватывали обширный спектр вопросов – от нарушения предписаний против роскоши и шулерства до упорядочения монетной системы и учреждения единообразия в уголовном судопроизводстве. Однако реализации законодательной инициативы рейхстага препятствовало отсутствие общеимперских исполнительных органов власти. Рейхстаг созывался императором по согласованию с курфюрстами, определявшими место его проведения. С 1485 года рейхстаги созывались ежегодно, с 1648 года исключительно в Регенсбурге, а с 1663 до 1806 года рейхстаг можно считать постоянно действующим органом власти со сложившейся структурой. Фактически он трансформировался в постоянный конгресс посланников германских князей во главе с императором.
 |
| Имперские округа в начале XVI века |
Однако дальнейшие попытки Максимилиана углубить реформирование империи, создав единые органы исполнительной власти, а также единую имперскую армию провалились. В силу этого, осознавая слабость императорской власти в Германии, Максимилиан I продолжил политику своих предшественников по обособлению Австрийской монархии от империи, что выразилось в налоговой самостоятельности Австрии, её неучастии в делах рейхстага и других общеимперских органов. Австрия фактически была поставлена вне империи, а её независимость была расширена. Кроме этого, преемники Максимилиана I (кроме Карла V) уже не стремились к традиционной коронации, а в имперское право вошло положение, что сам факт избрание германского короля курфюрстами делает его императором.
Реформы Максимилиана были продолжены Карлом V, при котором Рейхстаг превратился в периодически созываемый орган законодательной власти, ставший центром осуществления имперской политики. Рейхстаг также обеспечивал сложившийся устойчивый баланс власти между разными социальными группами страны. Была разработана и система финансирования общеимперских расходов, которая хотя и оставалась несовершенной из-за нежелания курфюрстов вносить свою долю в общий бюджет, но позволявшая вести активную внешнюю и военную политику. При Карле V был утверждён единый уголовный кодекс для всей империи – «Constitutio Criminalis Carolina». В результате преобразований конца XV – начала XVI вв. империя приобрела организованную государственно-правовую систему, позволившую ей сосуществовать и даже успешно конкурировать с национальными государствами нового времени. Однако реформы не были завершены, из-за чего империя до конца своего существования продолжала оставаться совокупностью старых и новых институтов, так и не приобретя атрибутов единого государства. Формирование новой модели организации Священной Римской империи сопровождалось ослаблением выборного принципа избрания императора: с 1439 года на престоле империи прочно установилась династия Габсбургов – наиболее сильный немецкий род в регионе.
Большое значение для повышения эффективности имперских округов имели постановления рейхстага 1681 года, передавшие вопросы военного строительства и организации армии империи на уровень округов. В компетенции императора были оставлены лишь назначение высшего командного состава и определение стратегии военных действий. Финансирование армии осуществлялось по округам за счёт взносов окружных государств-членов в соответствии с пропорцией, утверждённой в 1521 году. Эта система демонстрировала эффективность в случае, если подавляющее большинство членов округа принимали реальное участие в обеспечении войск. Однако многие крупные княжества (например, Бранденбург или Ганновер) преследовали в основном собственные цели, поэтому зачастую отказывались от участия в окружных мероприятиях, что практически парализовало деятельность округов. Округа, где отсутствовали крупные государства, часто являлись примером эффективного взаимодействия и даже создали межокружные союзы.
Начавшаяся в 1517 году Реформация быстро привела к конфессиональному расколу империи на лютеранский север и католический юг. Реформация уничтожила ту религиозную теорию, на которой основывалась империя. В условиях возрождения претензий на гегемонию в Европе императора Карла V, а также его политики централизации имперских институтов, это привело к обострению внутреннего положения Германии и росту конфликта между императором и сословиями государства. Нерешённость церковного вопроса и провал Аугсбургского рейхстага 1530 года в достижении компромисса привели к оформлению двух политических союзов в Германии – протестантского Шмалькальденского и католического Нюрнбергского, чьё противостояние вылилось в Шмалькальденскую войну 1546-1547 годов, потрясшую конституционные основы империи. Несмотря на победу Карла V, вскоре против него сплотились все основные политические силы империи. Их не устраивали универсализм политики Карла, стремившегося создать «всемирную империю» на основе своих обширных владений, а также непоследовательность в решении церковных проблем. В 1555 году на рейхстаге в Аугсбурге появился Аугсбургский религиозный мир, признавший лютеранство в качестве легитимной конфессии и гарантировавший свободу вероисповедания имперским сословиям в соответствии с принципом «cujus regio, ejus religio». Это соглашение позволило преодолеть вызванный Реформацией кризис и восстановить работоспособность имперских институтов. Хотя конфессиональный раскол и не был преодолён, политически империя восстановила единство. При этом Карл V отказался подписать этот мир и вскоре сложил с себя полномочия императора. В результате на протяжении следующего полувека католические и протестантские субъекты империи весьма эффективно взаимодействовали в органах управления, что позволяло сохранять в Германии мир и социальное спокойствие.
 |
| Священная Римская империя после Вестфальского мира 1648 года |
Условия Вестфальского мира оказались тяжёлыми, имевшими фундаментальное значение для будущего империи. Территориальные статьи договора закрепили утрату империей Швейцарии и Нидерландов, признанных независимыми государствами. В самой же империи значительные земли попали под власть иностранных держав (особенно усилилась Швеция). Мир подтверждал проведённую секуляризацию церковных земель Северной Германии. В конфессиональном плане католическая, лютеранская и кальвинистская церкви уравнивались в правах на территории империи. Для имперских сословий было закреплено право свободного перехода из одной религии в другую, для религиозных меньшинств гарантировались свобода вероисповедания и право на эмиграцию. При этом конфессиональные границы были строго зафиксированы, а переход правителя княжества в другую религию не должен был приводить к смене конфессии его подданных. Организационно Вестфальский мир привёл к кардинальной реформе функционирования органов власти империи: отныне религиозные проблемы отделялись от административно-правовых вопросов. Для их решения в рейхстаге и имперском суде был введён принцип конфессионального паритета, по которому каждой конфессии предоставлялось равное количество голосов. В административном плане Вестфальский мир перераспределил полномочия между властными институтами империи. Теперь текущие вопросы (включая законодательство, судебную систему, налогообложение, ратификацию мирных договоров) передавались в компетенцию рейхстага, ставшего постоянно действующим органом. Это существенным образом изменило баланс сил между императором и сословиями в пользу последних. В то же время, имперские чины не становились носителями государственного суверенитета: субъекты империи оставались лишёнными ряда атрибутов независимого государства. Так они не могли заключать международные договоры, входящие в противоречие с интересами императора или империи.
Таким образом, согласно условиям Вестфальского мира император фактически лишался всякой возможности непосредственно вмешиваться в администрацию, а сама Священная Римская империя становится сугубо Германским образованием, непрочной конфедерацией, существование которой постепенно теряет всякий смысл. Это выражалось в существовании в поствестфальской Германии около 299 княжеств, ряда самостоятельных имперских городов, а также неподдающегося учёту множества мелких и мельчайших политических единиц, зачастую представлявших собой небольшое поместье, наделённое правами государства (в качестве примера можно привести около тысячи лиц со званиями баронов или имперских рыцарей, не сохранивших сколько-нибудь значительных владений).
Поражение в Тридцатилетней войне также лишило империю ведущей роли в Европе, которая перешла к Франции. К началу XVIII в. Священная Римская империя утратила способность к экспансии и ведению наступательных войн. Даже внутри империи западнонемецкие княжества тесно блокировались с Францией, а северные ориентировались на Швецию. Кроме того, крупные образования империи продолжали идти по пути консолидации, укрепляя собственную государственность. Впрочем, войны с Францией и Турцией рубежа XVII – XVIII вв. вызвали возрождение имперского патриотизма и вернули императорскому престолу значение символа национальной общности немецкого народа. Укрепление императорской власти при преемниках Леопольда I привело к возрождению абсолютистских тенденций, но через укрепление Австрии. Уже при Иосифе I имперские дела фактически перешли в ведение придворной австрийской канцелярии, а эрцканцлер со своим ведомством были отстранены от процесса принятия решений. В XVIII в. империя существовала как архаичное образование, сохранив лишь громкие титулы. При Карле VI проблемы империи оказались на периферии внимания императора: его политика определялась в основном его претензиями на испанский престол и проблемой наследования габсбургских земель (Прагматическая санкция 1713 года).
В целом, к середине XVIII в. крупные немецкие княжества де-факто вышли из-под контроля императора, а тенденции дезинтеграции явно превалировали над робкими попытками императора сохранить баланс сил в империи. Попытки же перенести на имперское пространство успехи централизаторской политики в наследственных землях Габсбургов встретили резкую оппозицию имперских сословий. Против «австризации» имперской системы решительно высказался целый ряд княжеств во главе с Пруссией, взявшей на себя роль защитника немецких свобод от «абсолютистских» притязаний Габсбургов. Так Францу I не удалась попытка восстановить прерогативы императора в сфере ленного права и создать эффективную имперскую армию. А к концу Семилетней войны немецкие княжества вообще перестали повиноваться императору, что выражалось в самостоятельном заключении сепаратного перемирия с Пруссией. В период войны за Баварское наследство 1778-1779 годов имперские сословия во главе с Пруссией открыто выступили против императора, пытавшегося силовыми методами закрепить за Габсбургами Баварию.
 |
| Священная Римская империя в 1789 году |